实验室净化工程是除了对实验样品的安全起到保护的作用之外，也是为实验成功与实验人员的安全保驾护航的重大措施之一。实验室净化工程是将实验室某一区域开辟出来，专门用于建造有空气洁净等级的、实验环境要求相对较高的实验室或者无菌室。实验室净化工程系统与传统的洁净室系统其实是大同小异的，只不过实验室对洁净室内的压力、微生物控制及温湿度控制相对较工业洁净室要严格。常见的实验室净化工程装修材料有夹心彩钢板、钢化玻璃、防火板等，洁净实验室必须按照《洁净室施工与验收标准》采用可以较好的密封并且不产尘的材料进行隔断、吊顶装修，洁净实验室通风系统一般采用组合式空调机组，其送风系统与各业洁净室工程不同的地方是，不是所有实验室都可以设置回风系统的，这需要根据用户实验室的用途以及实验产品而定。类似于生物安全类实验室就不可以做回风系统，或者说要以全排式洁净室的做法来施工。
实验室净化工程等级设计也很关键，一般的无菌室实验室洁净度等级都是万级，一般普通实验室则大范围十万级~万级的布局设计。生物安全实验室、阳性对照实验室以及微生物培养实验室则需按照静态百级的洁净室标准进行设计、施工。