压差控制是药厂净化车间净化空调系统设计的重要环节，是保证药厂净化车间洁净度的重要措施。对药厂各净化车间压差进行控制，其目的是保证药厂净化车间在正常工作或平衡暂时受到破坏时，空气都能从洁净度高的区域流向洁净度低的区域，使车间的洁净度不受到污染空气的干扰。药厂净化车间压差控制分为3个步骤：
药厂净化车间
第一步：确定洁净区各车间的压差
药厂净化车间与周围的空间必须维持一定的压差，并应按生产工艺要求决定维持正压差或负压差。不同等级的车间以及洁净区与非洁净区之间的压差，应不小于5帕，洁净区与室外的压差，应不小于10帕。某些药品的生产车间，比如软胶囊生产车间，在同一洁净区内有相对湿度不同的净化车间，对此，应控制比较干燥的洁净室，相对相邻洁净室为正压，以免湿空气流向干燥的车间。
第二步：确定维持压差的压差风量
洁净区各车间维持正压差的压差风量，需要由室外新风补充。因此药厂净化车间正压差风量的大小，直接影响到净化空调系统的新风比，以及净化空调系统的耗能量。维持负压差的压差风量，由该车间外渗入车间，在很多情况下，其是未经净化处理的室外风，因此药厂净化车间负压差风量的大小，直接关系到负压车间的洁净度。换气次数法，即根据药厂净化车间换气次数来估算车间压差风量。在实际工程应用中，该方法具有简便、易行、较准确等优点，是常用的方法。
第三步：维持洁净室压差恒定
上述药厂净化车间压差值、压差风量，都只是理论值，需要采取一定的技术措施和设施来实现。在实际工程中，控制药厂净化车间压差的方式有多种：一般的情况下，采取定风量系统的方式较多，即首先保证药厂净化车间送风量相对恒定，调节车间回风量或排风量，从而控制压差风量，维持压差值;还可在车间回(排)风支管上安装手动对开多叶调节阀或蝶阀，调节回(排)风量，控制室内压差。其优点是设备简单，有效。
药厂净化车间
因为要考虑人身安全问题，系统压差控制必须是高精度、高可靠性的。对此，药厂净化车间通过使用定风量阀、双稳态阀可以严格控制送风量、排风量，从而形成稳定的压差风量，控制车间压差稳定;使用变风量阀对房间进行调控，使送风管阀流量追踪排风管阀流量，可形成稳定的压差风量，控制车间压差稳定。